Prof. J. Kiciński od wielu  lat zajmuje się modelowaniem oddziaływań dynamicznych zachodzących w złożonych układach typu wirnik – łożyska - fundament oraz modelowaniem własności łożysk ślizgowych. Opracował trójwymiarowy, tzw. elastodiatermiczny model wymiany ciepła w węzłach łożyskowych i zespół autorskich programów komputerowych do analizy własności dynamicznych maszyn wirnikowych, w szczególności turbozespołów energetycznych dużej mocy (system  komputerowy MESWIR) . Programy te zostały wdrożone do praktyki przemysłowej i są stosowane np.: w koncernie ALSTOM Power Ltd w Elblągu, w krajowej energetyce oraz w wielu ośrodkach naukowych jako narzędzia badawcze i dydaktyczne. Były też one podstawą dla opracowania różnego rodzaju ekspertyz po-awaryjnych.

Prof. J. Kiciński zajmuje się też energetyką odnawialną i kogeneracją rozproszoną, w tym zwłaszcza mikroturbinami i małymi siłowniami  na OZE.

Opublikował on ponad 120 prac naukowych o zasięgu krajowym i międzynarodowym oraz 10 monografii (trzy  autorskie i 7 współautorskich). Autorska monografia „Rotordynamics” (2006, str. 539) przyniosła mu światowy rozgłos. Stała się ona podręcznikiem akademickim w Indiach (na podstawie specjalnej licencji). Jest też redaktorem naukowym i autorem kilku rozdziałów obszernej (ponad 1300 str.) i unikalnej monografii „Modelowanie i diagnostyka oddziaływań mechanicznych, aerodynamicznych i magnetycznych zachodzących w turbozespołach energetycznych” stanowiącej efekt pracy zbiorowej kilkudziesięciu autorów wydanej przez PAN. Wypromował 10 doktorów n. t.

Jako  nauczyciel akademicki na Uniwersytecie Warmińsko- Mazurskim w Olsztynie  prowadzi wykłady z podstaw konstrukcji maszyn oraz  prace przejściowe i magisterskie z inżynierskich zastosowań komputerów.

Udział w Komitetach Naukowych i organizacja sesji tematycznych w ważniejszych, cyklicznych Konferencjach Międzynarodowych:

1. ISROMAC - International Symposium on Transport Phenomena and Dynamics of Rotating Machinery - Honolulu, Hawaje
2. IFToMM - International Conference on Rotor Dynamics - Sydney Australia, Wiedeń
3. ISCORMA - International Symposium on Stability Control of Rotating Machinery, Gdańsk, Cleveland USA
4. International Conference Acoustical and Vibratory Surveillance Methods and Diagnostic Techniques, CETIM Senlis - Francja

1. Kiciński J.:  ekspert-panelista  w międzynarodowym panelu ekspertów Energetyka – odnawialne źródła energii podczas The European Economic Congress 2009, Katowice, 15-17 kwietnia 2009 (największe dotychczasowe forum gospodarcze nowych krajów UE).
2. Kiciński J.: moderator panelu na Konferencji Nauka i Praktyka „Innowacje w ekoenergetyce”, Forum Ekoenergetyczne, Polkowice,  23.04.2009 (największa impreza eko-energetyczna w kraju w roku 2009).
3. Kiciński J.: przedstawiciel PAN na Polskim Forum Akademicko-Gospodarczym, Gdańsk, 16-17.10.2009.
4. Kiciński  Jan: ekspert – panelista, Konferencja „Przyszłość energii na terenach niezurbanizowanych w Polsce i Europie”, 8 grudnia 2010, Warszawa, Hotel InterContinental.
5. Kiciński Jan: ekspert panelista - Konferencja „South Baltic Gas Forum” Gdańsk, 5-7 wrzesień 2011.
6. Kiciński J.: ekspert panelista, Konferencja „III Forum Ekoenergetyczne w Polkowicach”, 16 – 17 wrzesień 2011.