Zakład Fizycznych Aspektów Ekoenergii (ZFAE) koncentruje się na szerokim spektrum zagadnień, w tym nanotechnologiach i materiałach funkcjonalnych, ekoenergetyce (produkcji biopaliw: wodoru, biogazu, bioetanolu, etc.; fotowoltaice) gospodarce cyrkularnej, gospodarce odpadami oraz badaniach bionawozów (pofermentu, biokompostu, etc.). Poza tym Zakład prowadzi również badania w zakresie diagnostyki plazmy oraz technologii laserowych.

Obecnie badania prowadzone są w zakresie:

• nanotechnologii i zaawansowanych materiałów funkcjonalnych,
• gospodarki cyrkularnej: gospodarki odpadami rolniczymi, spożywczymi i przemysłowymi (w tym tworzyw sztucznych),
• fermentacji metanowej oraz metod obróbki wstępnej (fizycznej, chemicznej i enzymatycznej),
• fermentacji alkoholowej z substratów odpadowych,
• oczyszczania biogazu,
• odzyskiwania składników pokarmowych pofermentu i przygotowania nawozów/polepszaczy gleby,
• weryfikacji efektywności agronomicznej poprzez badania szklarniowe i modelowanie rolnośrodowiskowe,
• bioremediacji mikrobiologicznej zanieczyszczonych gleb i wód (wycieków paliw z wraków statków i zanieczyszczonych jezior),
• diagnostyki plazmy i techniki laserowej.

ZFAE współpracuje z wieloma znanymi instytutami naukowymi, uniwersytetami oraz przemysłem; kieruje oraz bierze udział w różnych projektach międzynarodowych.

Zakład uczestniczy w popularyzacji i realizacji idei wykorzystania źródeł energii odnawialnej w kraju i na świecie, poprzez organizację konferencji i szkoleń dla przedstawicieli sektora gospodarki rolnej i leśnej oraz firm przetwórstwa produktów rolnych. Działania promocyjno-szkoleniowe dot. OZE są realizowane poprzez współdziałanie z innymi zakładami Instytutu Maszyn Przepływowych i Bałtyckim Klastrem Ekoenergetycznym.