Do zadań Działu Księgowości należy prowadzenie księgowości zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa i zasadami rachunkowości.

W szczególności do zadań działu należy:

1. Obsługa kasowa i bankowa.
2. Prowadzenie  kalkulacji kosztów własnych i sprawozdawczości finansowej w sposób umożliwiający terminowe i rzetelne przekazywanie informacji ekonomicznych o działalności Instytutu, ściąganie należności i spłatę zobowiązań.
3. Ochrona mienia i terminowe rozliczanie osób odpowiedzialnych za powierzone mienie Instytutu.
4. Dokonywanie rozliczeń finansowych z budżetem oraz innymi jednostkami publiczno-prawnymi.
5. Rozliczanie list płatniczych.